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DNA建庫磁珠——你選對了嗎?背景介紹磁珠是高通量測序過程產(chǎn)品,通過磁顆?;钚曰鶊F在一定條件下可與核酸結(jié)合和解離的原理,將樣本中目的片段分離??蓪崿F(xiàn)對核酸樣本的高通量自動化操作,廣泛應(yīng)用于基因測序以及分子診斷領(lǐng)域。商業(yè)化磁珠產(chǎn)品體系一般包含:磁珠、聚乙二醇(PEG)、鹽離子等?;赟PRI(SolidPhaseReversibleImmobilization)技術(shù),DNA在一定濃度的PEG存在條件下,NaCl或MgCl2促進條件下,DNA分子構(gòu)象會發(fā)生急劇變化,會暴露出磷酸骨架上大量的帶負電荷的
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基因治療領(lǐng)域的*--mRNA疫苗據(jù)路透社3月15日報道:美國政府正試圖說服疫苗研發(fā)的德國公司CureVac搬遷到美國并壟斷其疫苗生產(chǎn),而德國政府希望該公司能留在本國。那么,CureVac公司擁有什么重要的東西竟讓兩個國家政府直接出面進行爭奪?答案就是——mRNA疫苗制備技術(shù)。什么是mRNA疫苗mRNA疫苗是將RNA在體外進行相關(guān)的修飾后傳遞至機體細胞內(nèi)表達并產(chǎn)生蛋白抗原,從而導(dǎo)機體產(chǎn)生針對該抗原的免疫應(yīng)答,進而擴大機體的免疫能力[1,3]。圖1:直接注射mRNA疫苗效果示意圖[2]mRNA疫苗的
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測序數(shù)據(jù)不好?是不是建庫出了問題?!——從測序數(shù)據(jù)看文庫構(gòu)建高通量測序中的文庫構(gòu)建指的是在DNA兩端連接特定的接頭從而使其符合測序平臺要求的過程,在高通量測序過程中,文庫質(zhì)量直接影響終測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量,打個比方,如果文庫上機測序的濃度很低,樣本在FlowCell上擴增所形成的DNA樣本簇就會很少,測序數(shù)據(jù)量也將減少,這就可能導(dǎo)致測序失敗,所以我們說文庫的質(zhì)量控制和質(zhì)量評估也是NGS中的關(guān)鍵步驟。文庫如何質(zhì)控?評估文庫質(zhì)量的方法有哪些?文庫質(zhì)控:文庫在上機之前都有會進行質(zhì)量檢測,質(zhì)量檢測合格的文庫才
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實驗室常用到的實驗:逆轉(zhuǎn)錄實驗實驗人員通過體外模擬病毒復(fù)制過程,以提取的RNA為模板,使用逆轉(zhuǎn)錄酶催化,合成出與RNA互補的cDNA鏈。終構(gòu)建cDNA文庫,并從中篩選所需的靶標基因。BUT!小伙伴們做逆轉(zhuǎn)錄實驗時,1)有沒有深究過RNA逆轉(zhuǎn)錄出的cDNA能不能真實反映出基因表達信息?2)做實驗時,有沒有發(fā)生過內(nèi)參做的很好,目的基因做不出的情況?如果有發(fā)生上述情況,那么需要重新評估逆轉(zhuǎn)錄實驗結(jié)果的有效性。逆轉(zhuǎn)錄結(jié)果有效性的評定逆轉(zhuǎn)錄實驗結(jié)果有效性的評定重要的是盡可能反映樣本中原始RNA模板的信息,
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qPCR實驗易做,但數(shù)據(jù)分析并非想象中的那么容易!數(shù)據(jù)分析的好與壞,極大程度上依賴于qPCR原始結(jié)果的質(zhì)量。qPCR結(jié)果的評價指標?溶解曲線,是qPCR結(jié)果判定的第—要素。它的作用是判定目的基因是否得到擴增。理論上,當反應(yīng)體系中僅是目標基因的擴增,才是有效擴增。?標準曲線,是qPCR結(jié)果判定的金標準。(在溶解曲線判定為特異性擴增后)它的作用是測定引物的擴增效率及試劑的檢測上下限。根據(jù)文章發(fā)表對于qPCR數(shù)據(jù)的要求,擴增效率應(yīng)在90-110%。?擴增曲線,是直接生成qPCR定量的數(shù)據(jù),即Ct值。從
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熒光定量PCR實驗是分子實驗室常用的一項技術(shù)。持續(xù)關(guān)注小翊的應(yīng)該都掌握了高質(zhì)量cDNA的獲取方法,引物設(shè)計指南以及反應(yīng)體系的配制技巧(還未get的小伙伴戳文末鏈接),然而上機時,發(fā)現(xiàn)和別人的反應(yīng)條件不一致卻又不敢動儀器?本期小翊將帶你玩轉(zhuǎn)qPCR儀器的設(shè)置!目前市面上的qPCR儀器種類五花八門,但基本上儀器的設(shè)置都相對一致。我們以ABI7500為例進行介紹。反應(yīng)板設(shè)置實驗?zāi)康倪x擇:我們將實驗命名為“Yeasen”,進行“Quantitation:ΔΔCt”實驗。實驗方法選擇:如選用SYBRGre
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dsDNAHSAssayKitforQubit®——給我5min,還你一個準確定量結(jié)果1產(chǎn)品概述dsDNAAssayKitforQubit®是Yeasen生物開發(fā)的專門用于Qubit®熒光儀或熒光酶標儀的試劑盒,線性范圍0.2-100ng,即使在存在ssDNA、RNA和單體核苷酸的條件下,也可以選擇性的檢測dsDNA,且耐受較高濃度的蛋白質(zhì)、鹽類、洗滌劑等污染物。2產(chǎn)品優(yōu)勢1)操作簡便——5min之內(nèi)出結(jié)果2)高選擇性——對dsDNA具有高度選擇性,不定量RNA和ssDNA。圖dsDNAAssa
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遺傳中心法則表明,DNA是生物體內(nèi)遺傳信息的載體。遺傳信息在精密的調(diào)控下從DNA轉(zhuǎn)錄成RNA,再傳遞到蛋白質(zhì)。因此RNA被認為是DNA與蛋白質(zhì)之間生物信息傳遞的“橋梁”,在研究轉(zhuǎn)錄組信息中占有著重大的作用。背景介紹轉(zhuǎn)錄組(transcriptome)是指在某一特定的生理條件下,細胞、組織或者生物體內(nèi)所有的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的集合,即轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA總和,包括編碼RNA(即mRNA)和ncRNA(tRNA、rRNA、miRNA、lncRNA、circRNA)等不同類型的RNA分子。在這之中核糖體RNA(