由于物種之間存在廣泛的相互作用，如互利共生、寄生、感染關(guān)系等，通過轉(zhuǎn)錄組測序分析技術(shù)，可以幫助我們研究物種之間的互作關(guān)系。而常規(guī)的方法是分別取宿主和病原菌的細(xì)胞進(jìn)行RNA提取和建庫，該技術(shù)由于實(shí)驗(yàn)操作的影響，很難保證建庫的穩(wěn)定性，使最終分析結(jié)果誤差較大。

互作轉(zhuǎn)錄組測序分析則無需分離各物種細(xì)胞，只需要構(gòu)建一個(gè)測序文庫便可以同時(shí)對兩個(gè)或者多個(gè)物種進(jìn)行測序和分析，最終可以精準(zhǔn)揭示互作物種間基因表達(dá)的動態(tài)變化。

技術(shù)優(yōu)勢：

?  技術(shù)重復(fù)性好：同一樣品重復(fù)建庫相關(guān)性Pearson值大于0.993；

?  通量高：一次性可以可獲得樣本中幾乎全部的RNA信息；

?  建庫精準(zhǔn)：可以完整提取出病原菌中的RNA；

?  特色高級分析：鑒定病原菌中可能的效應(yīng)子及構(gòu)建病原菌與宿主的時(shí)序互作模型。

實(shí)驗(yàn)策略：

總RNA收樣品、質(zhì)檢→去除rRNA→隨機(jī)打斷→反轉(zhuǎn)錄為cDNA→文庫構(gòu)建→

文庫純化、質(zhì)控→上機(jī)測序

分析內(nèi)容：

注：個(gè)性化分析、多組學(xué)關(guān)聯(lián)分析請聯(lián)系對接銷售或技術(shù)支持

送樣要求：

經(jīng)典案例

使用互作轉(zhuǎn)錄組技術(shù)分析Streptococcus gordonii和Veillonella parvula共培養(yǎng)后的轉(zhuǎn)錄組變化

Transcriptional profling of coaggregation interactions between Streptococcus gordonii and Veillonella parvula by Dual RNA-Seq

1、背景

許多口腔細(xì)菌與不同物種混合后會形成宏觀團(tuán)塊，稱為團(tuán)聚體。據(jù)認(rèn)為，這些細(xì)胞間的相互作用對于混合物種的生物膜如牙菌斑的形成至關(guān)重要。作者評估了牙菌斑的兩個(gè)關(guān)鍵初始定居者Streptococcus gordonii和Veillonella parvula共培養(yǎng)對每個(gè)物種基因表達(dá)的影響。

2、方法

實(shí)驗(yàn)組為在人唾液中共培養(yǎng)Streptococcus gordonii和Veillonella parvula，對照組為兩種菌單獨(dú)在人唾液中培養(yǎng)，30 min后提取RNA進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組和互作轉(zhuǎn)錄組測序。最后對各物種上下調(diào)的基因進(jìn)行GO和KEGG富集分析，并通過STRING 蛋白數(shù)據(jù)庫，分析相關(guān)基因之間的相互關(guān)系。

3、結(jié)論

通過分析各物種的上/下調(diào)基因，作者發(fā)現(xiàn)共培養(yǎng)后，Veillonella parvula中氧化應(yīng)激過程發(fā)生較大改變，而Streptococcus gordonii在碳水化合物代謝過程發(fā)生較大改變，這些改變導(dǎo)致Veillonella parvula和Streptococcus gordonii共培養(yǎng)后形成團(tuán)聚體。

參考文獻(xiàn)：

①     DOI:10.1038/s41598-019-43979-w