MeRIP-seq RNA m6A甲基化測序
- 公司名稱 深圳市易基因科技有限公司
- 品牌 其他品牌
- 型號 MeRIP-seq
- 產地
- 廠商性質 生產廠家
- 更新時間 2025/4/17 16:53:45
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m6A是RNA上豐富的一種修飾，平均每條轉錄本有1~3個m6A修飾。易基因MeRIP-seq技術利用m6A特異性抗體富集發(fā)生m6A修飾的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），結合高通量測序，可以對RNA上的m6A修飾進行定位與定量，總RNA起始量可降低至10μg，僅需1μg總RNA。廣泛應用于組織發(fā)育、干細胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應答、癌癥發(fā)生與發(fā)展、藥物應答等研究領域；可應用于動物、植物、細胞及組織的m6A檢測。
大樣本量m6A-QTL性狀關聯分析，傳統(tǒng)MeRIP單個樣品價格高，通常難以承擔。易基因開發(fā)建立MeRIP-seq2技術，顯著提成IP平行性，實現不同樣本間相對定量，降低檢測成本。
易基因提供適用于不同科研需求的MeRIP技術：
? m6A甲基化-常量mRNA 甲基化測序（MeRIP-seq）
? m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化測序（lnc-MeRIP-seq）
? m6A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化測序（Micro-lnc-MeRIP-seq）
? 高通量m6A甲基化-常量mRNA甲基化測序（MeRIP-seq2）
技術優(yōu)勢：
? 起始量低：樣本起始量可降低至10-20μg，僅需1μg總RNA；
? 轉錄組范圍內：可以同時檢測mRNA和lncRNA；
? 樣本要求：可用于動物、植物、細胞及組織的m6A檢測；
? 重復性高：IP富集重復性高，降低抗體富集偏差
? 應用范圍廣：廣泛應用于組織發(fā)育、干細胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應答、癌癥的發(fā)生與發(fā)展、藥物應答等研究領域。
研究方向：
m6A甲基化目前主要運用在分子機制的理論性研究
? 疾病發(fā)生發(fā)展：腫瘤、代謝疾?。ㄈ绶逝?span>/糖尿?。⑸窠浐途窦膊。ㄈ绨柶澓ＤY/抑郁癥）、炎癥…
? 發(fā)育和分化：早期胚胎發(fā)育、個體/組織/器官生長發(fā)育、干細胞分化與命運決定、衰老
? 環(huán)境暴露與響應：污染、抗逆、生活方式
技術路線：
RNA樣品→文庫構建→上機測序→數據分析
實驗策略：
材料選取 → RNA提取→RNA片段化→抗體富集→反轉錄得cDNA文庫→接頭連接
→PCR擴增→文庫制備→上機測序
圖：微量MeRIP-seq實驗流程
分析內容：
MeRIP-seq分析內容 | |
標準分析 | 質控及及評估： 1、 數據質控 2、 比對統(tǒng)計 3、 插入片段長度統(tǒng)計 4、 全基因組覆蓋度統(tǒng)計 5、 樣本飽和度曲線 |
m6A富集區(qū)域（peak）的鑒定及統(tǒng)計： 1、 m6A富集區(qū)域（peak）的鑒定與注釋 2、 m6A富集區(qū)域的基本統(tǒng)計 3、 m6A富集區(qū)域在染色體上的分布 4、 m6A富集區(qū)域在基因元件上的分布 5、 m6A富集區(qū)域關聯基因的功能富集分析 6、 m6A富集區(qū)域在基因元件上的分布密度 7、 m6A修飾區(qū)域的motif鑒定 8、 特定基因峰圖展示 | |
差異m6A修飾的鑒定及統(tǒng)計： 1、 組內樣本peak重疊情況分析 2、 組內樣本peak關聯基因的重疊情況分析 3、 差異m6A修飾的鑒定與注釋 4、 差異m6A修飾的基本統(tǒng)計 5、 差異m6A修飾在染色體上的分布 6、 差異m6A修飾在基因元件上的分布 7、 差異m6A修飾關聯基因的富集分析 8、 差異m6A修飾在基因元件上的分布密度 9、 差異m6A修飾區(qū)域的motif鑒定 | |
表達水平分析： 1、 lncRNA鑒定 2、 circRNA鑒定 3、 基因表達水平分析 4、 基因表達水平密度分析 5、 基于表達譜的聚類分析 6、 基于表達譜的主成分分析 7、 基于表達譜的相關性分析 | |
差異表達基因鑒定及富集分析： 1、 差異表達基因鑒定 2、 差異基因功能富集分析 | |
差異m6A修飾及差異基因關聯分析 | |
注：個性化分析、多組學關聯分析請聯系對接銷售或技術支持 | |
送樣要求：
送樣要求 | 項目周期 |
? 樣本類型：去蛋白并進行DNase處理后的完整總RNA樣本 ? 樣本總量：≥10μg ? 樣本濃度：建議≥250 ng/μL ? 樣本完整度：RIN ≥ 7，Ratio 28S/18S ≥ 0.7；某些來源樣本（如體液樣本，昆蟲樣本，水生生物樣本等）無RIN和Ratio28S/18S要求 | 20個樣本以下標準流程的運轉周期約為36個工作日。遇到樣本數目較多時，項目周期需要與技術支持人員確定。 |
技術選擇：
主流m6A檢測技術：
? MeRIP-seg：基于IP富集技術，該技術包括IP和input兩個文庫，兩個文庫結合起來分析可以得到m6A修飾圖譜，單獨的input文庫可視為RNA-seq文庫，可用于進行表認圖譜的分析。
? 微量MeRIP-seq：優(yōu)化MeRIP-seq的RNA擴增建庫步驟，能夠適用更低起始量材料。采用去rRNA方法建庫，能夠檢測mRNA和非編碼RNA的m6A修飾。
? miCLIP-seq：基于紫外交聯和IP技術，實現單堿基分辨率檢測，利用C-T突變來準確識別m6A修飾位點，可以在同一個峰內檢測多個m6A位點。
? MAZTER-seq：基于MazF酶切富集ACA序列，檢測的是富含ACA位點的m6A修飾片段，無法檢測其他m6A修飾類型。近距離的ACA修飾類型也無法區(qū)分。
? MeRIP-gPCR：靶向特定區(qū)域進行m6A修飾測定，比較準確。需要全甲基化和全不甲基化的標準品加入。
? MeRIP-seq和微量MeRIP-seq用于轉錄組范圍內研究探索，并篩選目標基因。
? MeRIP-qPCR用于后續(xù)目標基因的甲基化驗證。
經典案例
項目文章：
縱向轉錄組分析揭示了m6A甲基化修飾在豬胚胎期骨骼肌發(fā)育中的重要作用
Zhang X,et al.Longitudinal epitranscriptome profiling reveals the crucial role of N6-methyladenosine methylation in porcine prenatal skeletal muscle development. J Genet Genomics. 2020 Aug;47(8):466-476.
背景
m6A是豐富的一類mRNA修飾，可以促進骨骼肌的發(fā)育。然而m6A甲基化在胚胎期骨骼肌生成中的狀態(tài)和功能仍不清楚。
方法
研究人員首先證明METTL14（一種m6A甲基轉移酶）沉默可抑制成肌細胞的分化，促進C2C12 成肌細胞增殖。采用m6A-seq（MeRIP-seq）測序方法，對豬骨骼肌發(fā)育六個胚胎期的縱向轉錄組和表觀轉錄組圖譜進行分析。
結論
MeRIP-seq結果顯示：胚胎期骨骼肌發(fā)育六個不同階段的m6A修飾呈現高度的動態(tài)變化，且大多數受影響的基因在與骨骼肌發(fā)育相關的通路中富集。IGF2BP1 RIP-seq證實了胰島素樣生長因子2 mRNA結合蛋白1(IGF2BP1)靶向與骨骼肌發(fā)育相關通路的76個基因，包括關鍵肌肉發(fā)育標記基因MYH2和MyoG。此外 siRNA介導的 IGF2BP1沉默可抑制成肌細胞分化，促進其增殖，類似于METTL14 沉默所觀察到的表觀遺傳變化。本研究不僅闡明了肌肉發(fā)育中m6A甲基化的動力學，且確定了參與豬胚胎期骨骼肌發(fā)育基因表達的關鍵基因。
圖：胚胎期骨骼肌發(fā)育六個不同階段的縱向轉錄組和表觀轉錄組表征
參考文獻：
① Zhang X,et al.Longitudinal epitranscriptome profiling reveals the crucial role of N6-methyladenosine methylation in porcine prenatal skeletal muscle development. J Genet Genomics. 2020 Aug;47(8):466-476.
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