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如何從哺乳動物細(xì)胞或組織分離DNA

時間:2021/11/18閱讀:1473
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材料與儀器

細(xì)胞
TBS 抽提緩沖液
離心管

步驟

1. 根據(jù)樣品類型,從下列方法中選一個作為步驟 1 進(jìn)行操作。

(1) 細(xì)胞樣品

① 單層培養(yǎng)的細(xì)胞

以用冰預(yù)冷的 TBS 將單層細(xì)胞洗滌 2 次,用刮棒把細(xì)胞刮入約 0.5 ml 的 TBS 中,將細(xì)胞懸液轉(zhuǎn)移到冰浴的離心管中,用 1 ml TBS 沖洗培養(yǎng)皿,并入離心管中的細(xì)胞懸液。于 4℃ 以 1500 g 離心 10 分鐘以收獲細(xì)胞。用 5~10 倍體積經(jīng)冰預(yù)冷的 TBS 重懸細(xì)胞并再度離心。用 TE ( pH 8.0)重懸細(xì)胞,使細(xì)胞密度為 5x107 細(xì)胞/ml,轉(zhuǎn)移至一個三角燒瓶中(1 ml 細(xì)胞懸液用 50 ml 燒瓶;2 ml 則用 100 ml 燒瓶;余類推)。每毫升細(xì)胞懸液加入 10 ml 抽提緩沖液,在 37℃ 孵育 1 小時,隨后進(jìn)行步驟 2。

抽提緩沖液:

10 mmol/L Tris-HCl,pH 8.0

0.1 mol/L EDTA,pH 8.0

20 ug/ml 胰 RNA 酶

0.5% SDS

② 懸浮生長的細(xì)胞

于 4℃ 以 1500 g 離心 10 分鐘以收獲細(xì)胞。用與原培養(yǎng)液等體積的經(jīng)過冰預(yù)冷的 TBS 重懸細(xì)胞,再次離心收獲細(xì)胞并重復(fù)洗滌步驟。用 pH 8.0 的 TE 重懸細(xì)胞使密度為 5x107 細(xì)胞/ml。將懸液轉(zhuǎn)移至大小適當(dāng)?shù)臒恐?,依前聽述加入抽提緩沖液并孵育。

(2) 組織標(biāo)本

將剛切制的組織碎塊放到盛有液氮的 Waring 絞切器的不銹鋼杯中,以最高速度絞切至組織粉碎成為粉末。待液氮蒸發(fā),將組織碎末一點(diǎn)一點(diǎn)地加入到盛有近 10 倍體積抽提緩沖液(如前)的燒杯中。使粉末分散在抽提緩沖液的表面,面后振搖燒杯使粉末浸沒。待其*分散于溶液中后,將該溶液轉(zhuǎn)移至 50 ml 離心管中,37℃ 孵育 1 小時。隨后進(jìn)行步驟 2。

(3) 血液標(biāo)本

收集約 20 ml 新鮮血液,加入裝有 3.5 ml 酸性檸檬酸葡萄糖溶液 B ( ACD ) 的試管中 。這一抗凝劑優(yōu)于 EDTA,因為它在血液貯存過程中更能保存高分子量 DNA。這些血液在制備 DNA 前可于 0℃ 保存數(shù)天或于 -70℃ 長期保存。配制 ACD 時,混合:

檸檬酸              0.48 g

檸檬酸鈉          1.32 g

葡萄糖             1.47 g

加水至 100 ml

用作抗凝劑時,每 6 ml 新鮮血液中加入 1 ml ACD。

新鮮血液(20 ml):以 1300 g 離心 15 分鐘,棄上層血漿,用巴斯德吸管將淡黃層小心移到另一管中并再次離心。淡黃層即為密度不均一的白細(xì)胞寬帶。將經(jīng)第二次離心的淡黃層重懸于 15 ml 抽提緩沖液中,37℃ 孵育 1 小時,隨后進(jìn)行步驟 2。

凍藏血液(20 ml):在室溫水浴中融化,移至離心管中,用等體積 PBS 稀釋;隨后于室溫以 3500 g 離心 15 分鐘并棄去上清液,其中含有已溶解的紅細(xì)胞用 15 ml 抽提緩沖液重懸沉淀物;37℃ 孵育 1 小時,隨后進(jìn)行步驟 2。

2. 蛋白酶 K 至終濃度為 100 ug/ml,用玻棒溫和地將酶混入黏稠的溶液中。

3. 裂解細(xì)胞的懸液置于 50℃ 水浴中 3 小時,不時懸動該黏稠溶液。

4. 溶液冷卻至室溫,如有必要就將溶液倒入離心管。加等體積經(jīng) 0.5 mol/L Tris-HCl(pH 8.0)平衡的酚,緩慢地來回顛倒離心管 10 分鐘以輕輕地混合兩相 。如此時兩相未能混合形成乳濁液,則將離心管置于旋轉(zhuǎn)器上 1 小時,于室溫以 5000 g 離心 15 分鐘,使兩相分開。

5. 大口徑移液管(出口直徑為 0.3 cm ) 將黏稠的水相移至一潔凈的離心管中并用酚重復(fù)抽提 2 次。

6. 分離高分子量 DNA ( 約 200 kb ):第三次酚抽提后用全部水相于 4℃ 對 4 L 50 mmol/L Tris-HCl ( pH 8.0)、10 mmol/L EDTA ( pH 8.0 ) 溶液透析 4 次,直至透析液的 OD270 值小于 0.05。讓透析袋留有使樣品體積增至 1.5~2.0 倍體積的空間。下轉(zhuǎn)步驟7。

分離大小為 100~150 kb 的 DNA:第三次酚抽提后,將全部水相移至另一離心管中并加 0.2 倍體積的 10 mol/L 乙酸銨。在室溫下加 2 倍體積乙醇并轉(zhuǎn)動離心管使溶液充分混合。DNA 立即形成沉淀,通常可用制成 U 形并經(jīng)封口的巴斯德吸管將沉淀從乙醇溶液中移出。而大部分污染的寡聚核糖核苷酸仍留在乙醇溶液中。如果 DNA 沉淀成為碎片,則在吊桶式轉(zhuǎn)頭中于室溫以 5000 g 離心 5 分鐘收集 DNA。用 70% 乙醇洗滌 DNA 沉淀 2 次,并按上述條件離心收集 DNA。盡可能*地除去 70% 乙醇,于室溫將 DNA 沉淀置于一個敞幵的管內(nèi),直至可見的痕量乙醇揮發(fā)殆盡。不要使 DNA 沉淀*干燥,否則極難溶解。

大約按每 5x106 細(xì)胞加 1 ml TE (pH 8.0 )。將管子放在搖床平臺上慢慢搖動直至 DNA *溶解。這通常需要 12~24 小時。

7. 測定 DNA 樣品在 260 nm 和 280 nm 處的光吸收。A260 與 A280 之比應(yīng)大于 1.75。低于此值則表明制備物中留有大量蛋白質(zhì)。在這種情況下,應(yīng)加入 SDS 至終濃度為 0.5%,并重復(fù)步驟 2~7。

8. 計算 DNA 濃度,進(jìn)行脈沖電場凝膠電泳或通過鋪在 1% 瓊脂糖支持層上的 0.3% 瓊脂糖凝膠電泳分析小量樣品。大于 100 kb 的 DNA,其遷移率應(yīng)該比完整的 λ 噬菌體 DNA 的線性二聚體分子慢。將 DNA 貯存在 4℃。


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