經(jīng)過 EMSA、 DNase1 足跡實驗、甲基化干擾實驗、體內(nèi)足跡實驗、 Chip-on-chip 等方式，終于落實了轉錄因子跟基因的關系，繼續(xù)探索轉錄因子跟該基因的啟動子的結合位點在哪里？ 

第一步，要確定到啟動子在哪？（怎么確定啟動子？ 一般查閱外文文獻，老外把從轉錄起始位點開始上溯 2K－3K 的區(qū)間算做是啟動子。） 

第二步，就是要確定具體的結合位點序列？（啟動子這么長，怎么知道具體的結合位點序列？）

如何預測轉錄因子跟基因啟動子結合位點在哪里？干貨來了，看這里了（敲黑板?。?/p>

1、以轉錄因子 Nf-KB 和 Ankh 基因為例，用 UCSC 在線網(wǎng)站鎖定啟動子范圍，在左欄選擇 Table  browes。

2、在 clade 選擇 Mammal，genome 選擇 Human，assmebly 選擇最新的數(shù)據(jù)庫，gene 中輸入 ANKH,在 track 中選擇 RefSeq Genes，在 output format 中選擇 sequence,點擊 get output,根據(jù)需要選擇序列，選擇 genomic-submit。

3、選擇 Promoter/Upstream by 2000 bases，選 Exons in upper case, everything else in lower case （外顯子大寫，其他小寫）。

結果如下：大寫字母是基因外顯子區(qū)，大寫字母前面的 2000 個小寫字母就是預測的啟動子區(qū)，復制粘貼保存到文本中。

當我們確定啟動子以后，接下來就是要確定具體的結合位點序列了，好緊張！

打開 PROMO 數(shù)據(jù)庫，業(yè)界良心！首頁就來送助攻：查找轉錄因子結合位點操作步驟。

1、如助攻提到的，先點擊黃色左欄 SelectSpecies,選擇物種, 點擊 Submit。

2、再點擊黃色左欄 SelectFactors，選擇轉錄因子, 點擊 Submit。

3、接著點擊 SearchSites,將之前鎖定的啟動子區(qū)序列粘貼到特定位置，點擊 Submit。

4、目標出現(xiàn)！結果中的一個位點 TGGGAAATACCT 就是預測到的 nf-kb 結合在 Ankh 啟動子的最佳位點。

同一個基因的啟動子都是可長可短的，只是不同長度可能啟動子的活性不一樣。真核生物一般都是認為在第一外顯子上游的 2kb 以內(nèi)（也有 2kb 以外的）。轉錄因子不同的預測方法（除了 PROMO，還可用 Jaspar 、TFSEARCH、TRANSFAC 等數(shù)據(jù)庫）結果都不一樣，最終只有實驗驗證的才準確。