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Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®
——專注珍貴樣本建庫
1、研發(fā)背景
常規(guī)建庫方法不適用于珍貴樣本
常規(guī)DNA建庫方法步驟繁多，損失量大，常要求DNA起始量至少在幾百納克至幾微克。然而，很多珍貴樣本，如來源的臨床樣本（人血cfDNA/ctDNA等）、考古樣本、石蠟包埋樣本（FFPE）、冰凍組織穿刺樣本等，往往都只能獲得100ng以下的DNA，而且常常是高度片段化的，并帶有多種化學修飾的質(zhì)量偏低的DNA。將常規(guī)建庫試劑盒應用于該類樣本的建庫，往往獲得的文庫產(chǎn)量低，質(zhì)量差，且原始信息丟失嚴重。測序數(shù)據(jù)中的低頻信號將*淹沒在背景噪聲中，無法獲得有效的可供分析的信息。更重要的是，珍貴樣本建庫一旦失敗，將會為您的項目帶來重大的損失。
珍貴樣本要選擇更好的建庫試劑
要從珍貴樣本中獲得有效數(shù)量的DNA很不容易，樣本量不足是制約其有效建庫的重要瓶頸之一。翊圣生物高通量測序領域的科研人員，結合豐富的NGS建庫試劑研發(fā)經(jīng)驗與測序經(jīng)驗，探討并設計了專注珍貴樣本建庫的微量DNA文庫構建試劑盒：Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®。該款試劑盒主要通過采用高質(zhì)量的組分構成、優(yōu)化酶學反應條件、改良緩沖體系、簡化DNA-片段篩選方法等技術手段，提高文庫轉(zhuǎn)化效率、文庫產(chǎn)量及質(zhì)量，突破了微量或珍貴樣本進行常規(guī)DNA建庫風險高、成功率低的瓶頸，實現(xiàn)了、穩(wěn)定的微量DNA建庫與測序。Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®zui低可將50pg的DNA制備成適用于Illumina®平臺的文庫，其優(yōu)異的性能已在微量珍貴樣本中得到有效驗證，具有文庫產(chǎn)量高、質(zhì)量好，測序覆蓋度高、準確性好、偏好性極低等優(yōu)勢，有助于更好的推動NGS技術在臨床及基礎研究領域的應用。
• 50pg DNA建庫
• 適用于cfDNA、FFPE等珍貴樣本建庫
• 3小時內(nèi)建庫
• 的文庫轉(zhuǎn)化率
• 的測序數(shù)據(jù)
2、產(chǎn)品描述
Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®是針對Illumina®高通量測序平臺專業(yè)開發(fā)設計的微量DNA樣本建庫試劑盒。本試劑盒可將50pg-250ng的微量片段化DNA制備成適用于Illumina®測序平臺的文庫，適用于血液或血漿樣本中cfDNA，F(xiàn)FPE樣本中DNA以及其他珍貴樣本的建庫。Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®使用精心優(yōu)化的配方體系，提供分步的、線性化的操作方案，具有文庫產(chǎn)量高、偏好性低、更易實現(xiàn)自動化等優(yōu)點。
Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®在翊圣已實現(xiàn)規(guī)?；a(chǎn)，試劑盒中提供的所有試劑組分，都經(jīng)過嚴格的質(zhì)量與功能可靠性驗證，zui大程度上保障產(chǎn)品優(yōu)異性能與批次穩(wěn)定性。
3、產(chǎn)品應用：
將50pg-250ng片段化DNA制備成適用于Illumina®測序平臺的文庫。
4、產(chǎn)品特點
1）3小時內(nèi)建庫
Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®兼顧*酶反應條件和zui短的反應時間，大幅度縮短DNA建庫時間至3小時以內(nèi)，耗時與其他公司快速建庫試劑盒相當，但顯著提高DNA建庫效率。 
圖1 Hieff NGSTM Nano DNA library prep kit for Illumina®的建庫效率高。
2）高效的文庫轉(zhuǎn)化率
文庫轉(zhuǎn)化率即DNA-片段轉(zhuǎn)化為雙端帶特定接頭DNA-片段的效率，是衡量一款建庫試劑盒的關鍵指標。
的文庫轉(zhuǎn)化率意味著可以用更低的循環(huán)數(shù)得到足夠上機測序的文庫總量，同時降低文庫構建過程中所引入的序列偏好性。
圖2 Hieff NGSTM Nano DNA library prep kit for Illumina®的文庫轉(zhuǎn)化率達到*水平。
樣本：片段化E.coli gDNA。接頭比例：按各款試劑盒中推薦的數(shù)值。測定方法：連接完整接頭后，qPCR文庫定量。
3）文庫擴增循環(huán)數(shù)低
在獲得相同產(chǎn)量文庫時，使用的PCR循環(huán)數(shù)越少，表示試劑盒的建庫效率越高。
表1 Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®的文庫擴增循環(huán)數(shù)低，達到*水平。
樣本：片段化E.coli gDNA。接頭比例：按各款試劑盒中推薦的數(shù)值。
Input DNA (ng) | Number of cycles required to generate | |||||
100ng | 1000ng | |||||
Yeasen Nano | 品牌K*Hyper | 品牌N*Ultra II | Yeasen Nano | 品牌K*Hyper | 品牌N*Ultra II | |
0.05 | 15 | -- | -- | -- | -- | -- |
0.1 | 14-16 | -- | -- | 17-18 | -- | -- |
0.5 | 11-12 | -- | 10-11 | 15-16 | -- | 14-15 |
1 | 10-11 | 13-15 | 9-10 | 14-15 | 17-19 | 12-13 |
10 | 7-8 | 7-9 | 6-7 | 11-12 | 11-13 | 9-10 |
50 | 3-4 | 3-5 | 3-4 | 7-8 | 7-8 | 6-7 |
100 | 2-3 | 2-3 | 2-3 | 6-7 | 6-7 | 7-8 |
4）的文庫質(zhì)量
使用Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®對100pg和100ng E.coli gDNA建庫，所得經(jīng)分選和未經(jīng)分選的文庫均為單一條帶，正態(tài)分布，無雜峰，片段大小符合測序要求。
圖3 Hieff NGSTM Nano DNA library prep kit for Illumina®獲得文庫。
建庫樣本：片段化E. coli gDNA。分選在文庫擴增后進行。
5）的測序質(zhì)量
測序數(shù)據(jù)是反映建庫試劑盒性能的zui重要指標。
使用Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®和同類型產(chǎn)品用于大腸桿菌基因組DNA文庫構建，并使用Illumina Hiseq 4000平臺，以PE150模式進行測序。結果顯示，Yeasen Nano在Q30、堿基質(zhì)量、Mapped到的Reads比例、Coverage等方面與品牌N*Ultra II相當，并超越了品牌K*Hyper產(chǎn)品。
表2 大腸桿菌K12菌株基因組DNA測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計。
Input DNA: 1ng. Illumina Hiseq 4000, PE 150, reference genome: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655.
Product | Clean Reads | Clean Base (G) | Q30 (%) | Mapped Reads (%) | Coverage (%) | Average Depth (X) |
Yeasen | 6,909,374 | 1.149 | 91.55 | 91.92 | 95.52 | 179.61 |
K*Hyper | 6,864,846 | 1.045 | 91.40 | 90.40 | 94.83 | 175.54 |
N*Ultra II | 6,970,936 | 1.169 | 92.86 | 92.25 | 96.21 | 182.34 |
圖4 Yeasen樣品測序數(shù)據(jù)Fastqc報告（左：序列質(zhì)量分布；右：堿基分布）。
6）性價比
Yeasen致力于為您提供的產(chǎn)品?。?/span>
圖5 Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®性價比更高。
5、文獻引用
[1]Lan J H, Yin Y, Reed E F, et al. Impact of three Illumina library construction methods on GC bias and HLA genotype calling[J]. Human immunology, 2015, 76(2): 166-175.
[2]Thorner A R, Ziaugra L, Ducar M D, et al. Optimization of library construction for massively parallel sequencing using low-input, FFPE-derived DNA without additional PCR amplification[J]. 2016.
[3]Lakha W, Paneeva I, Squazzo S, et al. DNA fragmentation and quality control analysis using Diagenode shearing systems and Fragment Analyzer[J]. Nature Methods, 2016, 13(10).
[4] Wolf K, O'Neil D, Schroeer S, et al. Next‐Generation Sequencing Library Preparation from FFPE Tissue Samples[J]. Current Protocols in Molecular Biology, 2016: 7.24. 1-7.24. 14.
[5]Apone L, Liu P, Panchapakesa V, et al. Enhancing clinical utility of NGS with reduced bias, low DNA input, library construction[J]. 2016.
[6]Fang N, Löffert D, Akinci‐Tolun R, et al. Construction of a Sequencing Library from Circulating Cell‐Free DNA[J]. Current Protocols in Molecular Biology, 2016: 7.25. 1-7.25. 13.
[7]Nascimento F S, Wei-Pridgeon Y, Arrowood M J, et al. Evaluation of library preparation methods for Illumina next generation sequencing of small amounts of DNA from foodborne parasites[J]. Journal of Microbiological Methods, 2016, 130: 23-26.
6、常見問題
Q: 該款試劑盒適用于哪些樣本的建庫？
A：本試劑盒適用于所有樣本的DNA建庫，尤其適合珍貴樣本DNA建庫，如cfDNA，F(xiàn)FPE樣本。
Q: 在使用該款試劑盒時，不同類型的樣本的Input DNA量應為多少？
A：Input DNA特指投入末端修復/A尾添加步驟中的DNA。下表列舉了常見應用中推薦的Input DNA量。
表1 常見應用中推薦Input DNA量
應用 | 樣本類型 | 推薦Input DNA量 |
全基因組測序 | 復雜基因組 | 50ng-1μg |
靶向捕獲測序 | 復雜基因組 | 10ng-1μg |
全基因組測序，靶向捕獲測序 | FFPE DNA | ≥50ng |
全基因組測序，靶向捕獲測序 | cfDNA/ctDNA | ≥50pg |
全基因組測序 | 微生物基因組 | ≥50pg |
全基因組測序PCR-free測序 | 高質(zhì)量DNA | ≥100ng |
免疫共沉淀測序 | ChIP-DNA | ≥50pg |
靶向測序 | 擴增子 | ≥1ng |
【注】：上表為使用高質(zhì)量DNA時推薦的Input DNA量，當Input DNA質(zhì)量較差或需要進行片段分選時，應適當上調(diào)使用量。
Q: 文庫制備過程中，是否需要片段長度分選？
A：文庫制備過程中需要進行片段長度分選。分選步驟可選擇在末端修復/A尾添加之前，或在接頭連接之后，或在文庫擴增之后進行。
Q: 使用該款試劑盒所得的文庫是否可以用于Ion Torrent平臺？
A：本款試劑盒針對Illumina®平臺開發(fā)，所得文庫僅適用于Illumina®平臺。
Q: 產(chǎn)品的有效期與保存方法？
A：產(chǎn)品所有組分-20°C保存，有效期1年。
Q: 純化和分選步驟，可以使用哪些磁珠？
A：純化和分選步驟，建議使用Hieff NGSTM DNA Selection Beads（Cat#12601）或AMPure XP Beads（Cat#A63880）或其他等效產(chǎn)品。
7、訂購信息
產(chǎn)品 | 貨號 | 規(guī)格 | 價格（元） |
Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina® | 12202ES08 | 8 libraries | 2456.00 |
12201ES24 | 24 libraries | 6486.00 | |
12201ES96 | 96 libraries | 23567.00 |
8、相關產(chǎn)品推薦
測序文庫制備，您還可能用到
建庫試劑盒 | 產(chǎn)品編號 | 規(guī)格 | 價格（元） |
Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina® | 12201ES08 | 8libraries | 1726.00 |
12201ES24 | 24libraries | 4626.00 | |
12201ES96 | 96libraries | 16626.00 | |
| |||
建庫模塊 | 產(chǎn)品編號 | 規(guī)格 | 價格（元） |
Hieff NGSTM DNA Selection Beads（Superior Ampure XP alternative） | 12601ES03 | 1mL | 296.00 |
12601ES08 | 5mL | 986.00 | |
12601ES56 | 60mL | 6286.00 | |
12601ES75 | 450mL | 26186.00 | |
Hieff NGSTM End Repair Module | 12605ES20 | 20T | 1466.00 |
Hieff NGSTM dA-Tailing Module | 12606ES20 | 20T | 1766.00 |
Hieff NGSTM Fast-Pace DNA Ligation Module | 12607ES24 | 24T | 3266.00 |
12607ES96 | 96T | 10866.00 | |
Hieff NGSTM Fast-Pace End Repair/dA-Tailing Module | 12608ES24 | 24T | 2066.00 |
12608ES96 | 96T | 6166.00 | |
Hieff NGSTM Fast-Pace DNA Fragmentation Reagent | 12609ES50T | 50T | 1466.00 |
Hieff NGSTM Single-Indexed Adapter Kit for Illumina®, Set 1 | 12611ES24 | 24T | 1166.00 |
12611ES96 | 96T | 4366.00 | |
Hieff NGSTM Single-Indexed Adapter Kit for Illumina®, Set 2 | 12612ES24 | 24T | 1166.00 |
12612ES96 | 96 T | 4366.00 | |
Hieff NGSTM Dual-Indexed Adapter Kit for Illumina® | 12614ES96 | 96T | 6566.00 |
Hieff NGSTM Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 1 | 12615ES04 | 12×4T | 1256.00 |
12615ES16 | 12×16T | 4536.00 | |
Hieff NGSTM Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 2 | 12616ES04 | 12×4T | 1256.00 |
12616ES16 | 12×16T | 4536.00 | |
2×Super CanaceTM High-Fidelity Mix for Library Amplification | 12620ES03 | 1mL | 526.00 |
12620ES08 | 5×1mL | 1426.00 | |
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文庫定量 | 產(chǎn)品編號 | 規(guī)格 | 價格（元） |
Hieff NGSTM Library Quantification Kit for Illumina®, qPCR Master Mix | 12302ES05 | 500T | 1526.00 |
Hieff NGSTM Library Quantification Kit for Illumina®, DNA Standard (1-6) | 12307ES09 | 6×96μL | 2126.00 |
Picogreen dsDNA Quantitation Reagent 雙鏈DNA（dsDNA）定量試劑 | 10224ES01 | 100µL | 518.00 |
10224ES02 | 5×100µL | 2118.00 | |
10224ES03 | 10×100µL | 3848.00 | |
10224ES04 | 1×1mL | 3768.00 | |
Picogreen dsDNA Assay Kit 雙鏈DNA（dsDNA）定量檢測試劑盒 | 10225ES84 | 2000T | 4238.00 |
